Answer
役員（特定の者）のみの人間ドックのメニューを変更し、高額になった場合にはその健康診断費用は役員に対する給与として所得税が課税されます。
また、会社として法人税の計算上では「不定期な役員給与（役員賞与）」として経費（損金）になりません。
（所得税や住民税は課税されます。）
全社員を対象に行われる場合には福利厚生費として処理できますが、役員のみ健康診断を受ける場合や役員のみ特別メニューとなれば、役員と従業員を区別して行う健康診断は、原則的に役員に対する不定期給与（役員賞与）の取扱いになる場合がありますのでご注意ください。
年齢や勤務年齢、役職などに応じた全社員を対象とする健康診断の規定を作り税務調査時に給与課税されないような対策をとっておくことをお勧めします。
役員のみの会社の場合には役員への不定期給与として課税される可能性が高いと思われます。
実務上は税務調査時の調査官の判断に任されているのが実態です。
